Dla celów bilansowych wynagrodzenie chorobowe ujmowane jest w kosztach bilansowych pracodawcy analogicznie jak "normalne" wynagrodzenie za pracę. Wynagrodzenie to może zatem zostać ujęte w księgach rachunkowych pracodawcy np. w następujący sposób (na podstawie listy płac):
1. Kwota wynagrodzenia chorobowego (lista płac):
- Wn konto 40-4 "Wynagrodzenia" (w analityce: Wynagrodzenie chorobowe),
- Ma konto 23 "Rozrachunki z pracownikami"
i równolegle:
- Wn odpowiednie konto zespołu 5,
- Ma konto 49 "Rozliczenie kosztów".
2. Zaliczka na PIT pracownika od ww. wynagrodzenia:
- Wn konto 23,
- Ma konto 22-4 "Rozrachunki z urzędem skarbowym z tytułu podatku dochodowego od osób fizycznych".
3. Składka na ubezpieczenie zdrowotne pracownika:
- Wn konto 23,
- Ma konto 22-3 "Rozrachunki z ZUS".
4. Wypłata pracownikowi wynagrodzenia chorobowego po potrąceniu zaliczki na podatek dochodowy i składki na ubezpieczenie zdrowotne:
- Wn konto 23,
- Ma konto 13-0 "Rachunek bieżący".
Natomiast wypłacany przez pracodawcę zasiłek chorobowy może zostać ujęty w księgach rachunkowych pracodawcy na rozrachunkach, jako zmniejszenie zobowiązania wobec ZUS (bez odnoszenia go w ciężar kosztów działalności jednostki). Ewidencja księgowa tego zasiłku może wyglądać następująco:
1. Kwota zasiłku chorobowego należnego pracownikowi:
- Wn konto 22-3,
- Ma konto 23.
2. Zaliczka na podatek dochodowy od ww. zasiłku:
- Wn konto 23,
- Ma konto 22-4.
3. Wypłata pracownikowi zasiłku chorobowego po potrąceniu zaliczki na podatek dochodowy:
- Wn konto 23,
- Ma konto 13-0.